نتایج تحقیقاتی که توسط جهاد کشاورزی صورت گرفته است، نشان می دهد که  کود مرغی به دلیل دارا بودن عناصر غذایی پرمصرف در افزایش دسترسی گیاه به مواد غذایی و غنی سازی محصولات زراعی از آهن، روی، منگنز و کلسیم باعث بهبود خصوصیات فیزیکی، شیمیایی و زیستی خاک شده و جایگزین مناسب کودهای شیمیایی است.

در سال های اخیر به علت حجم عظیم تولید کود مرغی و مشکلات زیست محیطی ناشی از آن، در این مورد تحقیقات فراوانی انجام شده که نشان می دهد نه تنها کود مرغی ماده بی ارزش و مزاحمی نیست بلکه چنانچه مورد فرآوری قرار گیرد، ماده با ارزشی برای مصارف مختلف است.

  کود مرغی به دلیل دارا بودن عناصر غذایی پرمصرف در افزایش دسترسی گیاه به موادغذایی و غنی سازی محصولات زراعی از آهن، روی، منگنز و بهبود خصوصیات فیزیکی، شیمیایی و زیستی خاک موثر بوده که با توجه به قیمت پایین آن می تواند جایگزین مناسب کودهای شیمیایی در حاصلخیزی  زمین باشد .

  ارزش کیفی کودهای مرغی به روش پرورش مرغ، مواد به کار رفته در بستر جوجه ها و همچنین مدیریت کود در طول دوره فرآوری و میزان خاک، سنگریزه و آهک موجود در کف محل ذخیره کود بستگی دارد .

 هدف از فراوری کودهای مرغی، جمع آوری کود تازه و مهار بو و سایر مشکلات زیست محیطی ناشی از آن، فرآوری بیولوژیک کود تازه برای جلوگیری از انتقال عوامل بیماری‌زای طیور و کنترل بیماری های مشترک انسان و حیوان می باشد.

  کودهای حیوانی تازه با آزادسازی گاز آمونیاک و تجمع این گاز در اطراف ریشه می توانند باعث مسمومیت گیاه شوند، بسیاری از عوامل بیماری‌زا نظیر سالمونلا، اکلای، ویروس آنفلوانزا و انگل ها همراه با مدفوع و ترشحات تنفسی از بدن حیوان دفع می شود و در بستر به فراوانی وجود دارند، بنابراین فراوری کود مانع از تکثیر و تداوم عوامل بیماری زا در محیط و انتقال آن به سایر پرندگان و گسترش بیماری می شود . هرچه فضولات تولید شده زودتر جمع آوری شود مقدار کمتری از مواد آلی آن تلف خواهد شد، روش های فرآوری کودهای مرغی، به این صورت خواهد بود که: در روش دپو کردن، کودها را در زمینی خارج از مرغداری یا فضای سرپوشیده روی هم انباشته و روی لایه های کود، آب ریخته و با پلاستیک می پوشانیم و بسته به مدت ذخیره، واکنش های شیمیایی بر اثر فعالیت میکروارگانیسم‌های هوازی و غیرهوازی در کود بسیاری از عوامل بیماری زا از بین می روند .

  خشک کردن کود که با دو روش طبیعی با استفاده از اشعه آفتاب و دستگاه خشک کن مکانیکی انجام می شود، که سبب جلوگیری از تکثیر لارو و حشرات داخل آن و کاهش حجم فضولات تا به میزان 20 تا 30 درصد حجم اولیه می شود و از این رو ذخیره آن با فضایی کمتری و حمل آن ارزان تر خواهد بود .

در سالهای اخیر توجه به محصولات ارگانیک بیشتر شده زیرا محصولات سالم و ارگانیک تاثیر مستقیم بر سلامت انسان خواهند داشت. محصولات ارگانیک، به محصولاتی گفته می شود که با استفاده از روش های کشاورزی نوین و ارگانیک، بدون استفاده از هرگونه کود و سم شیمیایی تولید شده اند. این روش کشاورزی بر پایه مرغوب ترین کود های طبیعی و گیاهی و تغذیه مناسب خاک با آب پاک، کنترل آفات با روش های طبیعی امکان پذیر خواهد بود.

از بهترین مزایای استفاده از محصولات ارگانیک می توان به عدم استفاده از محصولات آلوده به سموم، تقویت سیستم ایمنی بدن، بهبود کیفیت خاک و حفظ محیط زیست اشاره نمود. همچنین محصولات ارگانیک بدون استفاده از مواد نگهدارنده و افزودنی های مصنوعی، با طعم و بوی طبیعی تولید می شوند.